Ab 2002 stand der Verteidiger beim Karlsruher SC unter Vertrag, davor spielte er für den FC Aarau und den FC Küttigen. In seiner Zeit beim KSC entwickelte sich der Innenverteidiger kontinuierlich weiter und war seit der Saison 2006/07 Kapitän der Mannschaft.

Am 10. März 2008 machte Eggimann von einer Ausstiegsklausel in seinem Vertrag Gebrauch, die ihm ermöglichte, den KSC für 1,4 Millionen Euro zu verlassen. Er unterzeichnete schließlich einen Vertrag bis 2013 bei Hannover 96.